#NEXUS [Alignment based on gap opening penalty 6 and gap extension penalty 0.001, in both the pair-wise and multiple alignment menu of ClustalW, with minor mofifications by eye] [then gaps recoded as binary characters according to Simmons and Ochoterena (2000) using the program gap coder (Young and Healy 2003)] [Young ND, Healy J. 2003. GapCoder automates the use of indel characters in phylogenetic analysis.BMC Bioinformatics 4(1):6.] BEGIN DATA; DIMENSIONS NTAX=51 NCHAR=5048; FORMAT MISSING=? DATATYPE=DNA GAP=- EQUATE="0=A 1=C"; OPTIONS GAPMODE=MISSING; MATRIX 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Aancholaris 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Lchloris 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Lcardoni 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Cduponti 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Llunulata 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Cmarrocana 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CjapanaF1 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Cioessa 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Coaxensis 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Cdysenteric 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Cpolitula TTTAAGGTCTAACCTGCCCAATGAGGATTTAAATGGCCGCAGTATTTTGACTGTGCAAAGGTAGCATAATTATTAGTTTTTTAATTGAAAGCTTGTATGAAGGGTTGGACGAGATAAAATCTGTCTCTATTTAATTTACAGTAGAATTTAACTTTTGAGTCAAAAGGCTCAAATGATTATAAAAGACGAGAAGACCCTATAGATCTTTATTTAATT-AGTATTTTGATAATTTAGGATTAATTTAGTTTAAAGTTCTAATTAAATTTTATTGGGGTAATATAAAGATTAAATAAATTCTTTTTATTCATTACATTGATTTATGAATTTGTGATCCAATATTATTGATTATAAGATTAAGTTACCTTAGGGATAACAGCGTAATTTTTTTGGAGAGCTCATATCGATAAAAAAGTTTGCGACCTCGATGTTGGATTAAAAATTAGCTTGGGTGCAGAAGCTCAAGATTTTGGTCTGTTCGACCATTAAATTTTTACATGATCTGAGTTCAGACCGGCGTAAGCCAGGTCGGTTTCTATCTTTATTTTATTAA-AATGTTTTAGTACGAAAGGACCAAATATTTAATATATTTATATTTAAT--TT-TTGAATAATATTATTACTTTGGCAGA-TT-AGTGCAATGAATTTAGAATTCATGAATGTAA-TTAT-A-TTACAAGTAATACTTGTATTTAGGAGATTTACTATCAATGGTATTTTGTATATTAATTCTTGTAATTTGTGTATTAGTAGGGGTTGCTTTTTTAACGTTGTTAGAGCGGAGGGTATTAGGATATAATCAAATCCGAAA?????????????????????????????GAGGAGCAACAGTTATTACAAATCTATTATCAGCTATCCCATATGTAGGCACTATATTAGTTCAATGAGTATGAGGAGGATTTGCTGTAGACAATGCTACCCTAACACGATTCTTTACATTCCATTTTATTTTACCATTCATTGTAGCTGCAATAGTCTTAATTCACCTTTTATTTCTTCATCAAACCGGATCAAATAATCCCCTAGGAATAAACAGTAATATTGATAAAATTCCTTTCCATCCATACTTTACCTTTAAGGATATTATAGGGTTTATTATTTTAATAATAACACTAACACTATTAACACTTCTTAATCCATACTACCTGGGTGATCCTGACAATTTTATTCCAGCTAATCCCCTAGTTACTCCAGTTCATATTCAACCTGAATGATACTTCCTATTCGCGAGGATTCTTTCATAGAAGTTTATCTCCTACTGTAGAACTAGGGGCAACATGACCCCCTGCAGGAATTTCCCCATTTAATCCATTACAAATTCCACTCCTAAATACGTTAATTTTATTGACTTCAGGAATCACCGTCACATGAGCTCACCATGGCCTTATAGAAAATAATTATACACAAGCCTTACAAGGATTATTTTTCACTGTACTCTTAGGAATTTATTTTACAGCCCTCCAAGCATATGAATACTTCGAATCTCCATTTACTATTGCCGATTCCGTTTATGGATCAACCTTTTTCATGGCAACTGGATTCCACGGGCTTCACGTAATTATCGGAACCACCTTCCTACTAGTATGCTTAATGCGACATTGATTAAACCATTTTTCATCAATCCACCATTTCGGATT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????N?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGAATTAAGATTTT?TCATGACTCGCTACTCTACATGGATCACAAATTACTTATAGACCGTCATTACTATGAGCATTAGGATTTGTATTCTTATTCACAGTTGGAGGATTAACCGGAGTAGTTTTAGCCAATTCATCAATTGATATTATTCTTCATGATACATACTATGTCGTTGCTCACTTCCACTACGTATTATCTATGGGGGCAGTATTCGCAATTATATCTGGCTTCATCCAGTGATTCCCGCTATTTACAGGACTGACTATGAATAATAGATTACTTAAAATCCAATTTATAATCATATTCGTTGGGGTTAAT?TAACATTCTTCCCTCAACATTTCTTAGGCCTCAGAGGGATACCTCGACGATACTCAGACTATCCTGACGCCTATGTTTCATGAAATGTAGTTTCATCCATTGGATCAACAATTTCATTTATTGGTGTATTAATACTAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCGCCAAGGTAAGAAT---A----CAAACATACA----------TTCCTATTAA---TAA-----TCTACACC--TTCG------------AAAAGT--A------ATGTGAA---TGGAACC---AACAAT---CA-CTTTAAAAG--AATG----TAAT-----TT-----TTTA-CTTTTACAATTATTTT-TTATTTT-------------A---TTGC--ATTTG-AGTGTAA---------CT--TCGTGTTA-A---AAA-TTC-TTTG----CCATCAAACGTAGCATAC-T-GTGA--AA-ATC-AAA-ATTAA------------------------------------------------------TA-----G-TGTTGATTT--T-TA-T----AATA-T-T-CGAAAAC-C---TAGACAACAAATCTAATCGTGTT--CCT-AT--CAAGATA--------T-AT-T-------CAAAAAA-A---AA-A--A-AA--A----CAA--TATATAATTATATCTCTGCTTAA-A-TT--GTT---AT-AAATGCA----GTAGAG---TGTAG-ATTAGC----A-A-TTC-----GTTATTA--GA-TATAT-GACAAAGTTATTA--CATGGTATT-TA------A--A------AAG--AGTATAT----AATGC--TA-AACG-T---TAA-A-----AGTTAAA-TGTAATT-------TTAATATGTTACAGCTTGCCGGCAAACGCGATCCCCAGCAGGAGAAGGAAGCCCAAGAATGGATTGAAGCCGTTCTGGGCAAGAAGTTCCCTCCTGGTGAGCTCTTTGAAGATGTTATCCGTGACGGAACCGTTCTCTGCCAGGTTATGAACAAACTTGCTCCTGGTTCCATCCCCAAGATCAACACCTCTGGTGGACAATTCAAGATGATGGAGAACATTAACAAGTATGTATAGCAATATA--AATGCAGATAAATTTACCTTTAGCACACGTATTTCTAAGTTCATATTAAAAG--AAAAAAA----ACAAATAAATTT-TAAAA-ACTGCA----TGG-----TTATCGCA--CA-TA----TTT--TG-A--A-------GT--GTGCAT-AAAA--GAA-AACCA------CTTT----AA--ACT-AAAT-TA-AAA-T-------AT-A-AAATATGTAATGTA-AAGAATTTC-TCTGTTATGTGTTATG-A---GCACGTT--CAAACGTAAATTTCCAAAACA---------TAGGAAATATATGCAACAAA-TCTGGCAAATTGCCAAAATACTATTTAAGGCTGTGA-AA--ACTATTGAGAAAATTG------GAATTGATTAAGCATCTGTTT-TT-G--A-CATA----TTG--TTT-GTGTT--T-T-----TCTT----TAGCTTCCAACAAGCCCTGAAGAATTACGGAGTCGCCGATATCGATGTGTTCCAAACGGTAGATCTGTGGGAGAAGAAGGATATTGCCCAAGTGGTGTGCACCCTGTTCGCCCTTGGCAGAACAGTAAGTGTTTTGGTAAAGCATAAA-GTAAAAG-ACG--CATGCTCATTA--A------TTATTT----T-TTT--AATAGACCTACAGACACCCCGAGTGGCCTGGACCTTACCTTGGACCCAAACCTTCCGAGGAGTGCAAGCGCGAATTCACTGAGGAACAGCTCAAGGCTGGTCAAACCATCATCGGCCTGCAGGCTGGCTCAAA0001010000011011111000100-01--000000000001--0000001000001-00000010-01---00010010010000001000-00000001100000100001-0-00010-10-0--010000000100000000011010-0010000001-1000010101000110000010010111100010-01--100-10-010101--010111010000010010100000010010001010000000101-011100-100100---001-00000001010111000001000001-100010-10100-1-001100100000000000010011-100101000001011000011001010010010000010000000000000000010000000000001000110001010-001011--0011101100010001001000000010-001----10-00001000100101010-01001001001000000001100001-0000010--001000110100000000100100100-10010---0100-000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Cmathani 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Hcaliforbre 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Epuritana 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Esperata 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Emarginata 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Ezaza 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Jchloropleu 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Chaextru 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Mfastidiosa 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MundulaH6 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Hschwartzi 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Cmalabarica 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Odontocheil 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Pchaudoiri 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Prothymra 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